您好,欢迎您

【2019BSH】更全、更准!全基因组测序将为急性白血病患者带来临床获益

2019年04月03日
BSH
编译:肿瘤资讯
来源:肿瘤资讯

当地时间2019年4月1~3日,第59届英国血液学年会(BSH)在苏格兰格拉斯哥隆重召开。会议期间,英国基因组学Shirley Henderson博士报道了一项针对全基因组测序(WGS)的英国研究结果。全基因组测序(WGS)最终可取代无数个细胞遗传学小组,用于检测急性髓系白血病(AML)和急性淋巴细胞白血病(ALL)中单个和拷贝数变异分析,有可能改善临床实践并使患者受益。

84956520-11CA-4A85-8302-16FD4466DF54.png

英国基因组学癌症分子诊断学负责人Shirley Henderson博士对30多例患者进行了WGS和标准的细胞遗传学检测,其中共进行了250多次荧光原位杂交(FISH)。本次BSH会议上,Henderson博士公布了这项研究结果,发现WGS和FISH的一致率超过90%,误报率低于5%。此外,WGS能够识别被FISH检测遗漏的儿科ALL相关的单一变体。

Henderson博士表示,希望这些早期结果将来能在临床实践中发挥作用,能为临床工作提供有价值的结果,并且患者后续能从WGS提供的治疗和诊断机会中受益。

另外,Henderson博士强调,随着新型生物标志物的不断识别,AML和ALL将进展飞快。

更大的基因组分层 

WGS能够识别并检测出新基因变异体,检出的额外信息允许将患者进行更大的基因组分层,在AML和ALL患者生存预后“非常差”的情况下,可以提供潜在的益处。

伦敦大学癌症研究所的Adele Fielding博士共同主持了这次会议。他对该研究结果进行了评论:在临床领域,参与并了解WGS这项技术的价值和局限性,以及解释这项技术如何对患者发挥益处,都非常重要。

Henderson博士在报告开始时指出,基因组检测广泛应用于血液系统恶性肿瘤,包括诊断、风险分层、选择治疗方案、检测微小残留病以及造血干细胞移植后的监测以及预后监测等。

国家基因组测试目录(National Genomic Test Directory)列出了很多可以在AML和ALL患者中可检测的基因,包括小变体和结构及拷贝数变体,以及ALL中的复杂变体。目前有许多技术可用于检测小型和拷贝数变体,比如核型分析、FISH、各种形式的聚合酶链反应(PCR)检测,以及用于比较基因组杂交(CGH)和单核苷酸多态性(SNP)的阵列。

虽然这些检测方法都有很多优点,但FISH和PCR只能检测特定的突变,核型分析和CGH/SNP阵列覆盖整个基因组,但也存在自身的局限性,包括前者的自动化问题和后者对低级别克隆的低敏感性。

相比之下,WGS具有以高分辨率和低故障率检测整个基因组中变体的优点,并且不需要活细胞。Henderson强调,WGC“经得起未来考验”,因为它可以检测所有突变,因此在发现新的生物标记物时,没必要进行额外的检测或重新设计panels。

面临的挑战

新出现的生物标记物如应用其他技术不易检测到的突变体和标志物,也可以通过WGS获得。但WGS仍存在很多挑战,其中成本就是一大问题。

虽然需检测的生物标记物数量增加以及WSG价格下降意味着将达到一个临界点,之后它将变得具有成本效益。

对于从“临床研究中的工具”转变为“临床工作中应用的技术”,周转时间也必须与现有的检测方法相当,并且需要通过研究和验证。

为了解决这些问题,研究人员分析了来自100,000 Genomes项目AML和ALL样本的WGS检测结果,并将这些结果与来自3个临床诊断实验室的检测结果(均采用血液肿瘤的标准检测方法)进行了比较。

研究人员收集了34例患者进行的252项FISH检测的数据,包括138个单一变异(18个为阳性、120个为阴性)和114个拷贝数变异(85个为阳性,29个为阴性)。

对于拷贝数变异,78个(92%)样本的FISH和WGS阳性结果保持一致,并且WGS检测出7种假阴性变异,并且在28个(97%)阴性结果中保持一致,WGS的阳性预测值为99%,假阳性率为3%。

对于单一变异,FISH和WGS检测出的阳性结果一致率高达100%,而且WGS额外识别出4种结构变异。

依据这些研究数据,研究小组计算出,就单一变异而言,WGS的阳性预测值为82%,假阳性率为3%。有趣的是,当进一步观察应用WGS检测出的其他结构变异时,研究人员发现了3种T细胞受体δ基因重排和ETV6-RUNX1融合基因,后者证明是由于探针的限制而未被FISH检测出的儿科ALL相关的变异断点。

下一步计划 

Henderson及其同事希望能增加样本量,进一步将WGS与标准检测方法的数据进行比较,分析其他变异类型。对于AML和ALL而言,从细胞遗传学到WGS的过渡将是“循序渐进”的。分子学检测将会发生“整体转变”,随着实验室数据的不断积累,后续将在全国范围内集中地对样本进行WGS检测。同时,这对专业知识的掌握有了更高的要求。

参考文献

Liam Davenport.Genome Sequencing Shows Clinical Promise in AML and ALL.medscape.com

https://www.medscape.com/viewarticle/911126#vp_2

责任编辑:Amiee

                   

99%的肿瘤医生都已经加入良医汇交流群……
查看详情

评论
2019年05月28日
158****1280
如皋市人民医院 | 肿瘤科
学习
2019年05月23日
159****8268
如皋市人民医院 | 放疗科
学习